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中國發布荷斯坦牛中高密度基因組選擇育種芯片

2023年09月15日12:19 | 來源:人民網-湖南頻道
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人民網長沙9月15日電 一張全基因組育種芯片上均勻分布超12萬個基因位點,平均檢出率達99.5%,重復樣品檢測平均一致性達99.4%,盲樣檢測性能良好,達到國際先進水平……近日,中國荷斯坦牛中高密度基因組選擇育種芯片發布,標志著我國荷斯坦牛中高密度育種芯片自主設計開發取得重要突破。

據悉,荷斯坦牛是當前世界奶牛的主要品種,作為單胎大型動物,選擇出優秀種公牛是奶牛育種的核心工作。目前,國際上已進入奶牛基因組選擇育種時代,使用中高密度育種芯片,能使種公牛培育周期由約6年縮短至約2年,育種效率顯著提升。

“十四五”國家重點研發計劃項目首席科學家、中國農業大學教授孫東曉就表示,我國近年來加速構建和優化奶牛基因組選擇育種技術平台,但過去完全依賴國外育種芯片,國內種牛檢測樣品需要送到國外實驗室檢測,存在技術“卡點”及生物信息安全風險。

在奶牛基因組選擇育種時代,高通量SNP檢測技術平台堪稱育種“芯片”,為實現我國國產奶牛育種芯片零的突破,2020年8月,首農食品集團北京奶牛中心、中國農業大學、華智生物技術有限公司啟動奶牛育種芯片自主設計開發聯合攻關。

奶牛育種芯片自主開發經歷了一系列科學、嚴謹的設計、驗証和反復論証,攻關團隊基於中國荷斯坦牛群體挖掘驗証了一大批效應顯著的基因突變位點,最終自主設計了涵蓋超12萬個位點(即126K)的育種芯片,該款芯片不僅兼容現有參考群和多款商業化芯片位點信息,還提高了芯片數據填充准確性及奶牛基因組遺傳評估准確性。

奶牛126K液相基因組育種芯片通過了專家論証,專家組認為芯片設計科學合理,經過檢測驗証、盲樣復檢、多平台對比、填充效果驗証等多輪測試,驗証程序完善。參照國際同類產品標准,達到產業化推廣應用水平,可用於荷斯坦牛基因組選擇參考群體的構建及種牛評價。

“這是我國荷斯坦牛育種領域首款中高密度育種芯片,對提升我國種公牛自主培育能力和水平,進一步完善奶牛種質自主評價體系具有重要意義。”中國奶業協會副秘書長陳紹祜說。

中國奶業協會育種專業委員會主任麻柱說,奶牛育種自主創新聯盟將率先用上這款芯片,助力保障我國奶牛自主選育體系穩定運行,維護生物信息安全,並將進一步提升我國奶牛自主選育能力,助力奶牛種業振興。(林洛頫、龍宇)

(責編:黃卓、羅帥)

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